低悪性度食道上皮内新生物は、まず手術をせずに、基本的に食事のコントロールに注意し、適切な薬物療法でコントロールし、間隔をあけて細胞の変化を観察する。 低悪性度食道上皮内新生物は最も初期の細胞性病変で、その多くは逆流性食道炎の刺激と密接な関係があり、臨床的には薬物療法でコントロールすることが必要で、プロトンポンプ阻害薬（ラベプラゾールなど）を用いて胃酸をコントロールし、軽めの食事に注意し、刺激物や脂っこいものを摂り過ぎないようにすることで、当面は手術を第一段階と考えることができる。 細胞障害が進行すれば食道粘膜切除術も考慮する。 具体的な状況は臨床医の指導のもとに調節する必要がある。