口内炎を早く治す方法はなく、一般治療、薬物治療（リドカインなど）、その他の方法で治療することができ、病状によって適切な治療を選択する必要があります。
1.一般治療：口腔衛生に注意し、口腔内を清潔に保ち、歯磨きやうがいを励行し、患部を刺激しないように辛い食べ物や刺激の強い食べ物を控える。
2.薬物治療：痛みを和らげるためにリドカインなどの薬剤を使用したり、抗炎症・殺菌作用のある複合クロルヘキシジンうがい薬を使用したり、創傷治癒を促進するために遺伝子組換えヒト上皮成長因子ゲルなどを使用したりします。 また、ビタミンB1などを摂取して患部の治癒を促進したり、ビタミンCなどを使用して体の自己治癒力を高めたりすることもできる。
二次感染には、アモキシシリンなどの抗生物質で治療することができます。また、細胞性免疫機能を高めるために、転移因子などを使用することもできます。
口内炎は適時に治療し、医師の投薬指示に従うこと。