医学的助言に従った人工呼吸器の合理的な使用は通常有害ではないが、合理的な使用を怠った場合には、肺機能の低下、人工呼吸器依存の症状、肺感染症の拡大促進などの悪影響が生じる可能性がある。
人工呼吸器の長期にわたる使いすぎは肺機能の低下を引き起こし、人工呼吸器の使用中に肺の呼吸・拡張能力が低下すると、呼吸筋、横隔膜、胸筋が程度の差こそあれ萎縮し、不随意収縮や拡張期が起こり、重症の場合は自発呼吸ができなくなることもある。
人工呼吸器は補助換気装置であり、吸気時の気道陽圧と人体の自律呼吸との間には一定の乖離があり、呼吸のために人工呼吸器を長期間使用すると、人工呼吸器依存症の症状が現れることがある。
感染性肺疾患のある患者では、人工呼吸器の使いすぎは肺感染症の拡大を促進するなどの合併症を引き起こす可能性があり、人工呼吸器の長期使用も肺感染症を引き起こす可能性がある。
人工呼吸器が必要な場合は、具体的な状況を総合的に分析して使用の必要性を評価する医師の監督下で使用されるべきである。