一般的にもぐさの煙は人体に無害だが、長期間吸い込むと有害になる。
基礎研究の結果、一般的にもぐさの煙は生体に無害であり、いくつかの効能もあることがわかった。 もぐさの煙には、幅広い抗菌作用、抗ウイルス作用、喘息緩和作用があることが研究で明らかになっている。
よもぎの煙には、一般的な化膿性細菌（緑膿菌、大腸菌、黄色ブドウ球菌、アルカロイデス菌）に対する有意な抑制効果があることが実験で示されている。 もぐさを燃やすと、もぐさの葉の揮発性オイルが煙と一緒に揮発し、気道に入る。臨床的には、喘息の治療にもぐさの葉の揮発性オイルスプレーまたはもぐさの葉の揮発性オイル湿潤吸入法を用いると、より良い治療効果がある。
しかし、もぐさを燃やすときに出る煙は複雑な組成をしており、脂肪族炭化水素、芳香族炭化水素および類似の化合物とその酸化物を含んでいるため、長期間の吸入には一定の副作用があることに注意しなければならない。 また、人によってはアレルギー症状が出ることもある。
お灸は医師の治療が必要であり、自己判断で行わないでください。