小児の鰓裂嚢胞の治療は感染の程度によって異なり、感染がない場合は比較的困難で、感染がある場合はより困難となる。
鰓裂嚢胞は先天性の奇形であり、鰓裂が完全に退縮しない場合に発生し、継続的に液体を分泌する瘻孔の出現を誘発する。 薬物療法は一般的に効果がないため、外科的治療が必要である。
感染のない小児では、嚢胞内の瘻孔は明瞭であり、根治手術は比較的簡単でリスクも少なく、治癒可能性が高い。 しかし、嚢胞内の感染の程度がさまざまな小児では、瘻孔の構造が乱れているため、手術が難しくなり、後々感染のリスクが高くなる。
したがって、手術前に感染をコントロールして安定させ、手術中に病変をすべて取り除く必要がある。 同時に、手術中に被膜壁の破裂が発見された場合は、再発を避けるために、被膜壁をできるだけきれいに切断し、周囲の筋膜結合組織を完全に除去する必要がある。