小児の血球貪食症候群の治療には、エトポシドなどの薬物療法、外科的治療、その他の治療がある。
1.薬物治療：臨床的には現在、主にHLHプログラムとDEPプログラムがあり、薬物には主にエトポシド、デキサメタゾン、シクロスポリン、ドキソルビシンリポソーム、ペグ化酵素などがある。 中枢神経系の進行がある場合は、医師の指導のもとでメトトレキサートの髄腔内注射を追加することができる。
2.手術療法：原発性血球貪食症候群の治療には同種造血幹細胞移植が適しているが、手術前に適応と禁忌を明確にする必要がある。
小児が血球貪食症候群と診断された場合は、速やかに医療機関を受診し、専門の血液専門医の診断のもとで積極的に薬物治療を行うことが推奨される。