ハトムギは通常煎じ薬で、気虚の治療には人参と、自然発汗（筋肉の表面が弱く、自然発汗が多いため）の治療には人参と、抗真菌剤などと一緒に服用する。
ハトムギは漢方薬の一種で、補気、止汗、止表、利尿、消腫、利水、養血、止痒などの作用がある。 気の沈下（脾胃の気虚により内臓が下降する）、気虚浮腫、気虚疲労、表虚自然発汗、血虚萎縮、癰疽（毒瘡の一種で、急性化膿性疾患の体表、四肢、内臓に生じる）などの症状に収斂作用なく用いることができる。
ハトムギは煎じ薬として内服したり、錠剤、粉末、クリームなどに加工して用いる。 気虚や沈滞の治療には、炙甘草、人参、生脈麻、アトラクチロデスなどと組み合わせることができる。 表虚、自然発汗には、方剤、炙甘草と併用する。 潰瘍しても収束しない癰には、人参、甘草と併用する。
ハトムギは医薬品であり、セルフメディケーションではないので、医師の指導のもと、エビデンスを確認して使用すべきである。