通常、積極的かつ標準的な治療を行った場合、ほとんどのIgA腎症患者の長期予後は良好であるが、標準的な治療を行わず、疾患のコントロールが悪く、予後が不良な患者も存在する。IgA腎症の予後は、一般的に蛋白尿、血圧コントロール、腎機能状態、病理学的パラメータなどと密接な関係がある。 臨床的な個人差は大きい。 1.蛋白尿と血圧のコントロール：蛋白尿と高血圧のコントロールは、腎機能の低下速度とIgA腎症の予後に影響する。 一般に、標準化された治療で積極的に治療を受けている人の予後は良好であり、逆にコントロール不良の人の予後は不良である。 2.腎機能状態：腎機能状態と予後は密接な関係があり、標準化治療を積極的に行い、腎機能状態が良好であれば、ほとんどの患者の予後は良好である。腎機能異常の発症や経過は、ほとんどが予後不良を示唆し、糸球体濾過量の減少や血清クレアチニン値の上昇として現れることが多い。 3.病理学的パラメータ：チラコイド増殖、内皮過形成、半月形成、糸球体硬化、尿細管萎縮、間質線維化の程度は、腎機能の低下速度および腎生存率と密接に関連している。 通常、病理学的悪性度が軽度の患者の予後は良好であるが、悪性度が重度の患者の予後は不良である。 4.その他の要因：肥満、低蛋白血症、高尿酸血症もIgA腎症の予後不良の危険因子であるが、積極的かつ標準的な診断と治療を行えば、ほとんどの患者の予後は良好である。 IgA腎症患者は、病状を遅らせることのないよう、時間内に病院に行き、医師の指示に従うことが推奨される。