Barrett食道の重症度は3つの方法で鑑別できる。すなわち、化膿性円柱上皮の長さ、PragueCMのタイピング、そして病理組織像である。
1.化膿性円柱上皮の長さ：short-segment barrett食道では、化膿性円柱上皮は食道全体に及んでいないか、または食道全体に及んでいるが長さは1〜3cm、long-segment barrett食道では、化膿性円柱上皮は食道全体に及んでおり、長さは3cm以上である。
2. PragueCMのタイピング：”C “は末梢のmetaplastic mucosaの長さ、”M “は非周辺のmetaplastic mucosaの最大長を示す。 例えば、C2-M4は食道の末梢柱状上皮の長さが2cm、非周辺柱状上皮の最大長さが4cmであることを示す。 病変の範囲が小さいほど、相対的な重症度は低い。
3.病理組織像：異形成を伴わないバレット食道、不確定異形成を伴うバレット食道、低悪性度異形成、高悪性度異形成、および粘膜内がん。 異形成の程度が高いほど、発癌率が高く、予後が悪い。
バレット食道の重症度は、柱状上皮過形成の長さ、浸潤の程度、組織の不均一性の程度によって鑑別する必要があり、一面だけから判断することはできない。バレット食道は定期的な検査が必要であり、病変の発見には早期治療が必要である。