臨床的には.いわゆる「萎縮性胃炎の特効薬」はなく.慢性萎縮性胃炎の場合.さまざまな条件（ヘリコバクター・ピロリ感染.胃酸逆流.胃粘膜損傷.胃運動不全など）に基づいて.オメプラゾール.クラリスロマイシン.ラニチジン.ビスマス・ペクチン.モキサバイリなどの薬剤を目標とする必要がある。
1.ヘリコバクター・ピロリの除菌治療：ヘリコバクター・ピロリ陽性の患者には.プロトンポンプ製剤1種類（オメプラゾール.ラベプラゾール.エプラゾールなど）＋抗生物質2種類（クラリスロマイシン.メトロニダゾール.ニトロファイル.テトラサイクリンなど）＋ビスマス1種類（ビスマスペクチン.クエン酸ビスマスカリウムなど）の4剤併用療法を臨床で行う。
2.酸抑制療法：胃粘膜びらん.胸やけ.酸逆流を主症状とする患者に適用されることが多く.H₂受容体拮抗薬（ラニチジン.シメチジン.ファモチジンなど）が使用できる。
3.胃粘膜保護剤：胃粘膜びらんの患者に適しており.よく使用される薬剤はペクチン酸ビスマス.ゲファルコネート.エカベトなどである。胆汁逆流を伴う場合は.炭酸アルミニウムマグネシウム.ペクチン酸ビスマスなどの使用が考慮できる。
4.パワープロモーター：上腹部膨満感や胃不全のある患者に適しており.一般的に使用される薬剤にはイトプリド.モサプリドなどがある。
上記の薬はすべて医師の指導のもとで使用し.自己治療を避けるべきである。