脳脊髄液中のクリプトコッカスは、抗真菌薬と対症療法で速やかに治療すべきである。
脳脊髄液中のクリプトコッカスの分離培養はクリプトコッカス髄膜炎の診断の「ゴールドスタンダード」であり、中枢系のクリプトコッカス感染症はすべて治療が必要である。
1.抗真菌薬治療：現在、有効な抗クリプトコッカス薬はポリエン系、トリアゾール系、ピリミジン系アムホテリシンB、フルコナゾール、5-フルオロシトシンなどの単独または併用に限られている。 治療には主に導入期、強化期、維持期がある。
2.対症療法：主に頭蓋内圧の低下（マンニトール、フロセミドなどの利尿薬による治療が可能）、電解質異常を改善するための適時のカリウム補給、栄養強化、定期的な経過観察が含まれる。
クリプトコッカスの脳脊髄液培養は、専門医の指導のもとに治療すべきである。