MRIと磁気共鳴に違いはなく、MRIは核磁気共鳴（Nuclear Magnetic Resonance）の略である。
MRIはCTよりも軟部組織構造の解像度が高く、頭蓋内病変を明瞭に示すことができ、放射線がないため、妊娠中の女性も女性の妊娠に備えて選択することができる。 ただし、体内に金属を埋め込んでいる患者はこの検査を受けることができないので注意が必要である。
臨床では、MRIはフローボイド効果によって血管を分離することもでき、脳内の太い血管とその主枝を別々に映し出すことができる。これは、頭蓋内血管の狭窄や閉塞、頭蓋内血管腫の診断、血管の再疎通の評価に重要である。 さらに、MRIは脳の白質構造を観察することもでき、脱髄病変にも敏感である。
具体的にどのような検査手段を選択するかは、医師の指示や自身の状態に応じて決めるべきであり、症状を長引かせないためにも、少しでも違和感があれば専門病院で診察・治療を受けることをお勧めする。