メトトレキサートの副作用は主に次の通りである：Ⅰ.胃腸反応.主に口内炎.口内・口唇潰瘍.咽頭炎.吐き気.嘔吐.胃炎.下痢。 第二に.骨髄抑制で.主に白血球の減少として現れるが.血小板にも一定の影響を及ぼし.重症の場合は全血の減少.皮膚や内臓の出血が見られることもある。 第三に.大量の一回限りの適用.血清ALTなどの上昇と薬物肝炎につながることができます;少量の永続的なアプリケーションは.肝硬変につながることができます。 第四に.腎臓の損傷.高用量で一般的な.血尿.蛋白尿.乏尿.尿毒症など。 第五に.脱毛症.皮膚炎.色素沈着.薬剤性肺炎。 第六に.妊娠初期の使用は.催奇形性を引き起こす可能性がある。 月経遅延や生殖機能障害を起こす患者も少なくない。