硫酸ゲンタマイシンとゲンタマイシンの主な違いは、硫酸ゲンタマイシンは多成分抗生物質であるゲンタマイシンの硫酸塩であり、両者は投与経路が異なることである。 ゲンタマイシン硫酸塩とゲンタマイシンは、前者は後者の誘導体であるが、2つの主な薬理学的成分は同じで、アミノグリコシド系抗生物質である。 硫酸ゲンタマイシンは錠剤であれば経口投与が可能である。 一方、ゲンタマイシンは経口ではほとんど吸収されず、ほとんどが筋肉注射で投与される。 どちらも感受性の強いグラム陰性桿菌（セラチア菌、大腸菌など）の治療に適しており、耳毒性、腎毒性などがあり、難聴、腎障害などの副作用を起こしやすいので、必要に応じて専門薬剤師の指導のもとで使用する。 どちらもゲンタマイシンアレルギーの人には禁忌であり、小児は慎重に使用すること。