MMR遺伝子に変異があると.MMRタンパク質の機能が阻害され.DNAの反復配列の生成やDNA修復エラーが起こり.患者さんのDNAにマイクロサテライト不安定性（MSI）が生じます。 リンチ症候群は.ミスマッチ修復（MMR）遺伝子の生殖細胞系列変異によって引き起こされる常染色体優性疾患である。
MSI検査は臨床上重要な意味を持ちます：
1.リンチ症候群の診断：MSIはリンチ症候群の重要な生物学的マーカーであり.MSI-Hが確認されるとこの診断は成立します；
2.予後および治療成績の決定：MSI-Hを有する大腸がん患者は化学療法薬5-フルオロウラシルによく反応しません；
3. 遺伝性生殖細胞由来のMSI大腸がんと散発性大腸がんの鑑別：散発性MSI-H大腸がんの病因は通常hMLH1遺伝子プロモーターメチル化であり.ごく一部にBRAF遺伝子変異によるMMR遺伝子サイレンシングが免疫組織化学的に陰性でMSIを呈する。腫瘍がMMR遺伝子プロモーターメチル化またはBRAF遺伝子変異で陽性ならば.散発性がんである。
4.スクリーニング：ベセスダ改訂版ガイドラインでは.50歳未満の患者に対してルーチンのMSI検査を推奨しています。
ベセスダ改訂版ガイドラインによると.MSI検査は以下の適応のある患者さんに必要です：
1.患者さんが50歳未満であること.
2.腫瘍が右半球にあること.
3.腫瘍が腸内または腸外の他の器官に複数ある傾向がある.
4.腫瘍が術後他の原発悪性腫瘍を再発する傾向がある.
5. 腫瘍は リンパ球の浸潤.
6.ムチンの多量分泌またはインプリンティング細胞の存在.
7.浸潤性増殖パターン。
MSI検出には現在.以下の2つの検出方法があります：
1.PCR法による検出方法
パラフィン切片を手動で微小解剖してDNAを抽出し.いくつかのマイクロサテライトスポットをマーカーとして.PCR用のプライマーの合成を導き.比較分析のためにゲル電気泳動分析でMSIプロファイルを導きます。 最も一般的に使用されている2つのPromega解析システムは.5つの一塩基マーカー部位（BAT-25.-26.MONO-27.NR-21.-24）で構成されています。一方.National Cancer Institute (NCI) referenceシステムは.3つのジヌクレオチド（D2S123.D5S346.D17S250）および2つの単一塩基（BAT-25.-26）からなります。 . 生殖細胞プロファイルのマイクロサテライトの長さが変化することで.MSIの診断が成立します。
マイクロサテライトデータの解析による結果は.高マイクロサテライト不安定性（MSI-H）.低マイクロサテライト不安定性（MSI-L）.マイクロサテライト安定性（MSS）の3つがある。
2.免疫組織化学的（ICH）アッセイ
主要なDNA MMR遺伝子にはMLH1.MSH2.MSH6.PMS2.PMS1があり.ICH法では通常MLH1.MSH2.MSH6.PMS2という4つの遺伝子を検出します。 PCR法と比較して.ICH分析はより便利で安価です。 また.ICH分析では.変異している可能性が高い遺伝子を直接検出することができます。 MMRタンパク質のヘテロダイマーペアリングでは.MLH1とMSH2が必要な二量体である。
注： *MSH2およびMSH6の発現不全は.通常MSH2の生殖細胞系列変異によるものですが.MSH2遺伝子を不活性化することができる隣接遺伝子EPCAMの転写翻訳によって引き起こされることもあるようです。 #MLH1は.生殖細胞系列変異やMLH1プロモーターの高メチル化によって不活性化されることがあり.通常.BRAF V600E体細胞変異を伴っている。 略語：＋.発現.-.欠失.
現在.臨床病理学的特徴を有する大腸癌のMSI検査は.リンチ症候群の臨床的過小診断を減らすことができ.MSI検査は確定診断.臨床予後評価の指針.投薬.フォローアップに重要なので.MSI検査をツールとして有効活用することが必要です。