一般的に.脊索腫患者の最終的な死因は2つあります。まず.脊索腫が大きくなり続けるため.周囲の組織を圧迫し.特に脳幹部を圧迫すると.次第に意識障害を形成し.嗜眠から嗜眠.昏睡に至り.さらに深刻な場合は呼吸循環機能障害を引き起こします。 これは.脊索腫の継続的な増殖と圧迫によって引き起こされる.最も重要な死因である。 次に.脊索腫は頭蓋骨を侵食するため.上咽頭腔などに損傷を与え.鼻やのどの壁から脳脊髄液が漏出し.逆行性感染を引き起こし.脊索腫が原因で死亡することがあります。 また.未治療の状態が長く続くことで内分泌の乱れが生じたり.正常な栄養素が吸収され続けることで体の衰弱が生じたり.食事が不摂生になることで体重が減少したりするなどの要因もあります。