小児の甲状舌管嚢胞は手術が治療の中心であるが、2歳未満、嚢胞が小さい場合、感染がない場合は、選択的手術が行われることもある。
小児の舌小管嚢胞は一般的な先天性疾患で、そのほとんどは7歳までに発見される。 舌小管嚢胞は舌小管の発育異常と関連しており、通常は外科的切除で治療される。舌小管嚢胞に感染症も合併している場合は、まず切開して排膿し、炎症が治まってから第2段階で手術する必要がある。
ただし、2歳未満で嚢胞が小さい場合や感染症がない場合は、緊急性を伴わずに手術が可能であるが、定期的な経過観察が必要であり、経過観察中に異常が見つかった場合は、速やかに通常の病院で治療を受ける必要がある。 また、甲状腺嚢胞と診断された子どもは、病状を遅らせることのないよう、適時に病院に行く必要がある。