松果体の手術は.場合によっては.ある種の後遺症が残ることもあります。 最も一般的な後遺症は水頭症です。 摘出時に出血が起こり.脳脊髄液の正常な循環が妨げられ.急性水頭症になり.再手術が必要になる危険性があります。 頭蓋内感染の場合.頭蓋内手術ではドレーンを入れることが多く.侵襲的であるため.頭蓋内感染を起こしやすく.神経や血管.特に内大脳静脈や大脳静脈が損傷し.沈黙.すなわち発語不能となることがあります。 また.後頭葉が引っ張られることで損傷し.等方性半盲が形成されるケースもある。 その他.切除した組織が異なるためにてんかんを起こすこともあり.適切な合併症を把握しておくことが重要です。