エボラウイルスとヘニパウイルスはウイルスの構造と形態、感染後の症状などに以下のような違いがある。
1.構造と形態の違い：エボラウイルスはフィロウイルスであり、長い糸状体、一本鎖負鎖RNAウイルスで、ウイルスの形は古代中国の「如意」のようである。 ヘニパウイルスはパラミクソウイルス科に属し、ウイルス粒子はエンベロープと糸状のキャプシドからなる多峰性の一本鎖陰性RNAウイルスである。
2.感染症状は様々：エボラウイルス感染者は突然、高熱、頭痛、脱力感、筋肉痛が現れる。 その後、嘔吐、腹痛、下痢が起こる。 発症後2週間以内に、体の内外で出血が見られ、血液が凝固する。 最後には口や鼻からの出血症状が現れ、患者は24時間以内に死亡する。
ヘニパウイルスに感染した患者は、まず発熱や頭痛などの症状が現れ、その後めまい、眠気、錯乱などの急性脳炎の神経症状が現れます。 重症例では脳炎やてんかんを起こし、1〜2日で昏睡状態に陥る。
3.死亡率の違い：エボラウイルス感染が確認された患者の死亡率は88％と高いという調査結果もある。 ヘニパウイルス感染症の死亡率は約40～75％である。