ごく少数の肝インフルエンザ感染症は、身体の免疫系が正常に機能していれば自然に治癒することもあるが、大半の場合、患者は慢性感染症を呈し、通常は自然治癒しない。
ヒトが肝インフルエンザに感染した魚を摂取すると、成虫が肝臓の胆管に寄生する。 免疫系は寄生虫に特異的ではないため、寄生虫成虫は胆管上皮や粘膜下血管を継続的に破壊し、さまざまな程度の過敏反応や炎症反応を誘発し、その結果、胆管や肝臓を継続的に損傷する。
しかし、感染した肝フルの数は非常に少ない。 体の許容範囲内であれば、体の免疫力で寄生虫を徐々に排除することができる。 自己治癒は可能である。
しかし、寄生虫の数が多かったり、体の免疫力が低下していたりすると、肝フランク感染は通常、慢性症状として現れる。つまり、疲労感、心窩部不快感、食欲不振、肝臓部の漠然とした痛みなどの臨床症状が徐々に現れるまで、数年かかることが多い。 この場合、自力で治すことはできず、積極的な治療が必要となる。
慢性寄生虫感染症や重篤な感染症に罹患したら、医師の指導の下、用法・用量に従ってプラジカンテルやアルベンダゾールを服用するなど、駆虫治療を行う。 治療が遅れて悪い結果を招かないようにする。