茶色いおりものが出ているのに生理が来ない場合は、排卵障害による子宮出血異常、多嚢胞性卵巣症候群などの病的な要因が考えられます。妊娠可能な年齢の女性であれば、妊娠との関連も考えられます。
1.卵巣機能不全による子宮出血異常：エストロゲンの分泌不足により、子宮が正常に増殖・肥厚できないため、正常に剥離できず、月経という形で排出されます。
2.多嚢胞性卵巣症候群（PCOS）：主に高アンドロゲンによって、子宮内膜が剥がれ落ちる厚さに成長できず、その結果、月経が少ない、月経量が少ない、排卵がないなどの婦人科系の症状が現れ、ニキビや多毛症などの肌荒れの原因にもなります。
3.妊娠：妊娠後、受精卵が着床する際に少量の膣出血がみられることがありますが、明らかな腹痛や不快感は伴わず、着床現象であることがほとんどですが、異常の有無を除外するためにも、早めに来院する必要があります。
受精卵の発育不良や、子宮外妊娠、早産流産など正常な着床ができない場合も、茶色いおりものが出ることがあります。
また、子宮頸管や子宮の癒着、子宮内膜の結核など、他の病気も考えられます。