魚腥草根は薬用で清熱除毒、癰膿、利尿、発汗（尿が垂れる、少量の尿が出ないなどの症状を改善する）、肺癰膿吐、痰熱、咳嗽などに一定の効果があるが、効果は限定的である。
魚腥草の根は薬用にセリ科のHouttuynia cordataの根茎を乾燥したもので、辛味があり、やや寒性の性質があり、清熱除毒、癰腫消膿、利尿解毒の効能があり、膿を吐く肺癰、痰熱咳喘息、熱性通水（排尿時に灼熱感や刺すような痛みが明らかで、頻尿や尿意を催し、下腹部の牽引による不快感を伴う）、熱性赤痢、癰腫、毒痛みなどに用いることができる。 煎じ薬または外用薬として用いるが，長時間煎じてはならない。
単剤でお湯を沸かしても漢方処方ほどの効果はなく、よりよい治療効果が得られないことがある。 体調がすぐれないと感じたら、医師に相談し、医師の指示に従って使用することをお勧めします。