サリドマイドの危険性は、胎児への重篤な催奇形性、多発性神経炎などを引き起こすことである。
サリドマイドの一般的な副作用には、嗜眠、眠気、口や鼻の粘膜の乾燥、めまい、便秘、吐き気、腹痛、発疹、顔のむくみ、アナフィラキシー反応、多発性神経炎などがある。 また、胎児に対する重篤な催奇形性もある。
妊娠中の女性、授乳中の女性、小児、本剤にアレルギー反応を示す人、危険な作業（機械操作、運転手など）に従事する人には禁忌である。
サリドマイドには免疫抑制作用、免疫調節作用、抗炎症作用、抗プロスタグランジン作用、ヒスタミン作用があり、腫瘍型ハンセン病反応性障害のコントロールに使用できる。 また、腫瘍型ハンセン病反応性障害のコントロールにも使用できる。有害な結果を避けるため、医師の監督下で合理的に使用すべきである。