頭蓋咽頭腫の手術後に正常に戻ることは通常難しく、尿路結石症や血液電解質異常など、より明らかな合併症があるのが普通である。 頭蓋咽頭腫の手術は脳神経外科手術の中でも難易度が高く、腫瘍の完全切除を達成することは困難であり、ほとんどの場合、頭蓋内圧亢進、内分泌機能低下、視力障害といった患者の症状を緩和する程度の効果しかない。 小児の頭蓋咽頭腫に対する初回手術の死亡率は約2％で、主に視床下部の重度の損傷によるものである。 視床下部損傷による合併症は主に尿毒症、電解質異常、てんかんなどで、尿毒症の確率は約91％、血液電解質異常の確率は約89％であり、また長期合併症として視床下部肥満が約50％以上の小児にみられる。 まとめると、一般的に頭蓋咽頭腫の手術後に元の体調に戻ることは難しいが、それでも医師の指示に従って合理的な治療を行い、不適応が出現した場合には適時相談することが必要である。