肛門皮膚潰瘍は細菌性、真菌性、ウイルス性感染症、湿疹など多くの疾患の症状であるため、原因に応じて消毒、抗ウイルス、除湿、かゆみ止めなどの治療を行うことが推奨される。
1.細菌感染：肛門皮膚潰瘍につながる細菌感染に対しては、エリスロマイシン軟膏、レボフロキサシン軟膏などの抗菌薬で炎症を抑え、感染防止を図り、1:5000の過マンガン酸カリウム溶液の座浴などで治療を補助する。
2.真菌感染症：肛門皮膚潰瘍につながる真菌感染症には、クロトリマゾール、ケトコナゾール軟膏などの抗真菌薬の使用が推奨される。
3.ウイルス感染：HPV（ヒト乳頭腫ウイルス）感染症で、肛門いぼとしても知られている。 治療はイミキモドクリーム、爪水虫クリームなどを局所に塗布するほか、凍結などの物理療法、レーザー、外科的切除などがある。
4.湿疹：一般的にグリセライトローションなどの湿疹・かゆみ止めとプレドニゾロンなどのグルココルチコイド軟膏を併用することが推奨される。
具体的な薬物療法としては、専門医の指導のもと、病気の原因をはっきりさせ、やみくもに自己治療せず、副作用を起こさないようにすることをお勧めします。