脳幹脳炎で半身がしびれ、意識障害を起こすことは重篤な合併症であり、完治は通常困難である。 頭蓋内感染によるしびれは、頭蓋内感染による脳浮腫のため、脳機能部位の脳組織が破壊されている可能性があり、頭蓋内感染の原因を特定し、抗感染治療を行うと同時に、マンニトールによる脱水治療で頭蓋内圧を下げ、正常な脳組織を保護し、さらなる障害を回避し、半身不随の症状を緩和する必要がある。 患者の状態が許せば、四肢の機能訓練を促進するためのリハビリテーション療法や高気圧酸素療法を早急に行う必要があるが、完全に発症前の状態に戻すことはより困難である。 臨床治療は一般に、症状を軽減し、患者のQOL（生活の質）を改善するように努めることである。 脳幹脳炎の患者は、速やかに医師の診察を受け、積極的な治療を行うことで、症状の緩和、合併症の可能性の低減、患者のQOLの向上を図る必要がある。