馬尾症候群の手術が成功しなかった場合、生活の質をできるだけ向上させるための治療や運動が必要となる。 馬尾症候群の手術が成功しなかった場合、尿失禁や便失禁などの尿・便の機能障害を中心とした後遺症が残ることがある。 治療方針は、具体的な傷害の程度に応じて、保存的治療として栄養神経薬、一般的なガングリオシドなどを医師の指導のもとに使用するか、再手術という方法をとって対処するかなどを決定する。 馬尾損傷の後遺症として麻痺が見られることもあるので、適切なスプリントを使用して関節機能を維持し、筋肉のバランス障害による変形を防ぐために、垂れ下がり防止装具などで足を下げるなどの方法がある。 適切な受動的活動で、関節の可動性を鍛える。 精神的な励ましやサポートも治療過程では非常に重要である。長期にわたる実りのない治療や満足のいく術後結果が得られず、うつ病や不安神経症になりやすい患者もおり、深刻なケースでは人生を軽んじようと考えることさえあるからである。