脳低形成は完治させることはできないが、一般的な治療と薬物療法によって緩和させることができる。
1.一般的な治療：患者の身体の健康に注意し、栄養を強化する。 患者の身体活動を増やし、聞く、話す、読む、書く能力を鍛え、マッサージやより的を絞った訓練を行う。
2、薬物治療：脳形成異常の原因をはっきりさせ、的を絞った治療を行う。 甲状腺の分泌不足が原因で脳が発育不全を起こしている場合は、甲状腺刺激薬を服用する。 先天性脳血管障害による脳低形成であれば、リハビリ訓練、オランザピンなどの薬物療法、必要であれば手術で治療する。
脳低形成の患者は、速やかに医師の診察を受け、積極的な治療により症状の緩和と患者のQOLの向上を図る必要がある。