便秘の治療において、いわゆる「撫でる」ことに頼ることはあまり意味がない。 原因を特定し、それに対応した治療、たとえば食事療法、薬物療法（ラクツロース液、モサプリドなど）、あるいは外科的治療が必要である。
便秘の原因はさまざまで、生理的なものと病的なものがあります。 生理的な原因には、不規則な食事、水分摂取量の低下、運動不足などがあり、病的な原因には、腸内細菌異常症、クローン病、腸閉塞などがあります。
生理的な原因による便秘の場合、主なことは便秘の原因を調整することです。 例えば、水分を多く摂る、運動をする、野菜や果物を多く摂る、規則正しく排便する、などである。
病的な理由による便秘の場合は、主に薬物療法、あるいは外科的治療が行われる。 例えば、腸内細菌異常症にはビフィズス菌の錠剤や乳酸菌の錠剤を、クローン病にはメサラジンやスルファサラジンなどの薬を、腸閉塞には手術療法を検討する。
便秘の治療については、医師が原因をはっきりさせた上で、それに対応した治療を行うことが勧められる。