中・進行期の肝内胆管癌は腫瘍の範囲が広く、根治が困難であるため、手術可能な症例には手術を、手術不可能な症例には保存的治療を行うなど、多角的な治療が行われるのが一般的である。
1.手術療法：手術可能あるいはネオアジュバント療法後に手術可能な中・進行肝内胆管癌患者に対しては、可能な限り外科的切除を行い、分子標的治療などを併用する。
2.保存的治療：完全に手術不可能な中・進行期の肝内胆管癌の場合、ほとんどの腫瘍はすでに転移しており、根絶することができないので、化学療法、放射線療法、分子標的治療などの保存的治療が通常採用される。 この時、医師は黄疸や消化管閉塞を改善し、患者の状態をコントロールし、患者の症状を緩和する措置をとる。
化学療法薬にはゲムシタビン、シスプラチンなど、分子標的薬にはソラフェニブなどがあり、薬剤の使用は医師の指示のもとで行う。
同時に、患者の治療中、医療従事者と家族は患者に楽観的な考え方を維持させ、体の栄養をより補い、消化の良い軽い食べ物を少量ずつ食べさせることに注意する。