新生児の副腎皮質機能亢進症は一般に先天性副腎皮質機能亢進症の新生児を指し、治療法には薬物療法と手術療法がある。
1.薬物治療：塩分喪失の小児には生理食塩水の静脈内補充が必要である。代謝性アシドーシスの小児には炭酸水素ナトリウムと0.45％の塩化ナトリウムによる治療が必要である。重度の塩分喪失の小児にはヒドロコルチゾンによる治療が可能である。ヒドロコルチゾンと他の生理食塩水副腎皮質ステロイドおよびヒドロコルチゾンなどの糖質副腎皮質ステロイドの長期使用も相乗治療のために必要である。
2.手術：雌雄同体の小児に対しては、生後6ヵ月から1歳までの間にクリトリスの部分切除や整形外科的手術が推奨される。
先天性副腎皮質過形成と診断された子どもは、医師の監督下で標準的な治療を受けることが推奨される。