プロバイオティクスは赤ちゃんに長期間与えることができるが、医師の指導のもとで投与する必要がある。 プロバイオティクス（枯草菌ジクチオステリウム顆粒など）は、腸内細菌叢の乱れに起因するさまざまな胃腸症状や、それに関連する急性・慢性の下痢や消化不良に使用される。また、その他の理由（広域抗生物質の長期使用など）による腸内細菌叢異常症の予防や治療にも使用される。 症状が緩和された後は、通常、薬剤の服用を中止することができるが、抗生物質関連下痢症など一部の疾患では、腸内細菌叢を調整するためにプロバイオティクスを長期的に経口投与することができる。 プロバイオティクスは通常、冷蔵保存が最適で、プロバイオティクスを醸造する際の水の温度は40℃を超えてはならず、抗生物質と同時に服用してはならない。 プロバイオティクスの副作用はまだ明らかではない、禁忌はまだ明らかではない、いくつかのプロバイオティクスはヘルスケア製品であり、薬の治療効果を持っていない、両親は購入に注意を払う必要があり、厳密に薬の使用に関する医師の指示に従います。