ゴボウ種子はキク科の植物の成熟果実で、主に煎じ薬として内服され、薬局方に収載されている用量は6～12gである。
ゴボウの実はキク科のゴボウの成熟果実で、抗うつ薬の風解薬に属し、肺を促し、発疹を通じ、風解し、解毒し、咽喉を楽にする作用がある。 咽喉痛，風熱感冒，流行性耳下腺炎（急性感染症，皮膚が絵の具のように赤く見えることがある），咳痰，麻疹，風疹，癰，腫瘡などの治療に用いる．
なお、ゴボウの実は寒性で下剤作用があるため、気虚で便が緩い（細く形の悪い便）場合には注意が必要である。 症状のある患者は、専門医の指導のもと、適時に医師に相談し、薬の合理的な使い方を見極める必要がある。