現在、ヘリコバクター・ピロリの治療に特化した臨床用プロバイオティクスは存在せず、プロバイオティクスはヘリコバクター・ピロリに対する治療効果はないが、胃腸機能を改善し、ヘリコバクター・ピロリの治療を補助することができるだけである。
ヘリコバクター・ピロリ菌は胃に寄生し、陽性患者は慢性胃炎、消化性潰瘍、胃がんなどを発症する可能性が高くなるため、ヘリコバクター・ピロリ菌の陽性が判明したら、適時に除菌治療を行う必要がある。
しかし、ピロリ菌に特化したプロバイオティクスは存在せず、プロバイオティクスは主に消化管に入った後の腸内フローラのバランスを調整するものであるのに対し、ピロリ菌は胃に寄生するため、プロバイオティクスで死滅させることはできない。 プロバイオティクスの摂取は腸内微小環境を改善し、消化吸収を促進し、ヘリコバクター・ピロリの治療に一定の補助効果をもたらすが、治療にはならない。
ピロリ菌の治療は主に4剤併用療法であり、プロトンポンプ阻害薬1剤（オメプラゾールなど）＋抗生物質2剤（アモキシシリン、クラリスロマイシンなど）＋ビスマス剤1剤（クエン酸ビスマスカリウムなど）で構成され、より優れた治療効果があり、広く臨床で使用されている。
ヘリコバクター・ピロリ陽性患者は、適時に医師の指導のもとに除菌治療を受ける必要があり、プロバイオティクスに頼ってはならない。 薬剤は自己判断で使用せず、医師の指示に従い、症状を遅らせたり、悪化させたりしないように注意する必要がある。