蛋白質は肝性脳症の原因因子であると同時に悪化因子でもあるので、肝性脳症患者は蛋白質の摂取を厳しく制限すべきである。 蛋白質摂取後、腸内消化でアミノ酸が産生され、腸内細菌叢の作用でアンモニアに変化する。 肝機能が正常であれば、血中アンモニアを尿素に変換して排泄できるが、肝機能障害時にタンパク質を過剰に摂取すると、血中アンモニアが過剰になり、アンモニア中毒を引き起こす。 アンモニアは脳に毒性があり、抑制性神経細胞活動を亢進させ、興奮性神経伝達物質を減少させ、脳内の神経伝達物質のバランスを崩し、脳細胞のエネルギー代謝を阻害し、最終的に中枢神経系の障害を引き起こし、肝性脳症を誘発または悪化させる。 タンパク質の摂取制限、組織タンパク質の分解抑制、窒素負荷の軽減は、肝性脳症を予防・制御する方法の一つであり、患者は適時に医師の診察を受け、医師の処方に従って治療を受けることが推奨される。