新生児の心房中隔欠損症は先天性の心臓病である。 1歳になる前に注意深く観察することができ、1歳を過ぎても心房中隔欠損が持続する場合は外科的に治療することができる。
心房中隔欠損症を持って生まれる子供もいるが、子供が成長し発達するにつれて、心房中隔欠損症の大きさは徐々に小さくなり、あるいは消失していく。
1歳を過ぎても心房中隔欠損症がある場合、自然に閉鎖する可能性は非常に低い。 もし子供の心機能に負担がかかるようであれば、早期の外科的治療が必要であり、インターベンション手術か開心術のいずれかを行います。 予後はより良好で、通常は子供の勉強や生活に影響はありません。