クラリスロマイシンの副作用には、胃腸反応、肝障害、中枢神経系異常、アレルギーなどがある。
1.消化器反応：吐き気、嘔吐、下痢、腹痛、消化不良などが高用量で起こることがある。 時に口内炎や口腔カンジダ症が起こることがある。
2.肝障害：アラニンアミノトランスフェラーゼ上昇、グルタミンアミノトランスフェラーゼ上昇として現れる。 一過性で可逆的である。
3.中枢神経系異常：一過性の中枢神経系副作用として、めまい、不眠、眩暈、見当識障害、不安等が現れることがある。
4.アレルギー：軽度では発疹、蕁麻疹。 重症例では中毒性表皮壊死融解症。
5.その他：白血球減少、血小板減少、歯の変色、可逆性難聴、味覚の変化など。
クラリスロマイシンはマクロライド系抗生物質であるため、薬の使用は医師の指導のもとで行い、私用薬ではなく、体に不快感を与えないようにする。