後遺症はネオコリン陽性が治癒した後に起こることがあり、軽症のネオコリンでは通常後遺症は残らないが、重症のネオコリン患者では一定の確率で後遺症が残り、大多数の患者では後遺症は残らない。 心肺運動耐容能の低下などの呼吸器系の後遺症は、ネオコロナウイルス感染後に最も多くみられ、最も一般的な後遺症の一つであるが、これは主にウイルス感染患者における横隔膜と間質性肺障害の明らかなミオパシーの特徴によるものである。 また、呼吸器系の後遺症による心筋虚血や心筋障害は、患者に不整脈、動脈硬化、重症例では心不全などの心臓合併症を引き起こしやすくする。 新冠陽性者は後遺症が残る可能性があり、新冠ウイルスに感染した場合は、回復後の新冠後遺症を最大限に予防するために、隠さず積極的に治療しなければならない。