FLT3TKD+遺伝子の変異はより重篤で、ほとんどが骨髄性腫瘍を示唆する。 FLT3変異には主に2つの型があり、膜近傍構造ドメインの内部タンデムリピート変異（FLT3-ITD）と、チロシンキナーゼの構造ドメインの点変異（FLT3-TKD）または欠失である。 どちらの変異もFLT3の異常な活性化を引き起こし、正常な造血細胞の増殖、分化、アポトーシスを阻害し、白血病を引き起こし、疾患の進行と関連する。 FLT3変異は主に骨髄性腫瘍でみられ、急性骨髄性白血病では最も一般的な変異である。 例えば、骨髄異形成症候群では、FLT3-ITD+およびFLT3-TKD+変異は比較的まれである。進行した骨髄異形成症候群では、変異の可能性は劇的に増加する。 FLT3-TKD+変異は、急性骨髄性白血病の初診患者の約7％に認められ、急性前骨髄球性白血病患者ではより頻度が高い。 急性骨髄性白血病患者におけるFLT3-TKD+変異の存在の予後的意義に関する全体的な解析は有意ではなかった。