腎盂腎炎の治療には抗生物質が好まれ、一般的なものとしてはキノロン系、半合成ペニシリン系、セファロスポリン系などがあり、これらは通常、慢性腎炎の治療に有効である。 腎盂腎炎は大腸菌などの病原菌の感染によって起こる病気であり、グラム陰性桿菌に効果のある薬が好まれます。 そのため、治療薬は主にさまざまな抗生物質となり、代表的なものにはキノロン系（オフロキサシン、レボフロキサシン、シプロフロキサシン）、半合成ペニシリン系（アモキシシリン）、セファロスポリン系（セフロキシム）などがあります。 腎盂腎炎の治療が72時間有効であれば、薬を変更する必要はないが、そうでない場合は、薬剤感受性の結果に応じて抗生物質を変更する必要がある。 頻尿、尿意切迫感、排尿痛などの症状が顕著な場合は、三陰交、熱リンパ清などの漢方薬を服用して症状を改善することもできる。 半合成ペニシリン系やセファロスポリン系などの各種抗生物質はアレルギー反応を起こすことがあり、キノロン系は軟骨異形成を起こすことがある。 したがって、腎盂腎炎治療薬は専門医の指導のもとに使用する必要があり、自己判断で使用することはできません。