黄連水の正しい飲み方は、黄連を水で洗い、表面の水分を拭き取り、3～5分浸してから飲む。 ただし、黄連水は薬の代わりにはならない。 医師の指導のもと、時間をおいて医師に相談して使用する必要がある。
黄連は清熱薬の中の清熱薬と清湿薬に属する。 肝経、胆経、心経、脾経、胃経、大腸経に用いることができる。 黄連は苦寒性である。 清熱利湿、瀉下、解毒の作用がある。
黄連は、眼瞼炎、湿熱脹満（胃の膨満感や不快感）、血熱鼻出血（血熱による吐血や鼻血）、嘔酸嚥下（胃酸を飲み込んで口や咽頭まで上がってくる）、心乱不眠（心の熱の乱れや不眠の症状）などの治療に用いられる。 下痢、黄疸、心火過多、高熱とめまい、歯痛などの症状もある。
黄連は寒性であるため、脾胃が冷えている患者や、緩便（形の整っていないゆるい便）、下痢の患者には用いない。 Rhizoma Coptidisの副作用は知られていない。 黄連に対するアレルギーの既往歴のある人には禁忌である。
黄連は薬の代わりにはならない。 必要に応じて、自己判断ではなく、専門の漢方医の指導のもとで使用してください。