一般的に3cm程度の肝膿瘍であれば、通常の治療で2週間程度で治癒するが、正確な時期は異なる。
肝膿瘍の患者はエネルギー消費量が多く、栄養補給が必要であるため、まず全身的な栄養補給を行い、次に感染症のある患者に対しては、メトロニダゾール配合アンピシリンなどの抗生物質を抗感染治療に使用する。
膿瘍が大きい場合、保存的治療で症状が改善しない人は、膿瘍の液化が十分であれば、穿刺手術で膿を排出することができます。
肝膿瘍は積極的な総合治療の後、約2週間で治りますが、重症の人や多発性の膿瘍の場合は、回復に時間がかかります。