肺がんなどの治療にアファチニブを使用する場合は、医師の処方に従って定期的に使用する必要があり、薬剤耐性や重篤な副作用が発現しない限り、治療を中断してはならない。 一部の転移性非小細胞肺がんなどの治療において、アファチニブを1日間隔で使用できるとする文献や治療ガイドラインはなく、通常は間を空けずに継続して使用することが求められる。 重篤な肝障害、心機能障害、間質性肺疾患などの重篤な副作用が発現した場合は、医師の判断のもと慎重に減量し、それでも軽快しない場合は投与を中止する必要がある。 また、アレルギーや小児などへの使用は禁止されている。 妊娠中や授乳中は厳密な評価の上で慎重に使用する必要があり、授乳中は授乳を中止することが推奨されている。 食事との併用は推奨されていません。 リファンピシンやカルバマゼピンなどの薬剤との併用は禁止されている。 アファチニブは臨床医の厳重な監視の下で使用されるべきであり、無許可での使用は絶対に禁止されている。