月経中にお茶の代わりにハトムギ水を飲むと、血の巡りがよくなり、気血が乱れ、月経に影響を及ぼすことがあるので、月経中にハトムギ水を飲むことは勧められない。
ハトムギは伝統的な漢方薬で、マメ科の植物モンゴルハトムギや膜鞘ハトムギの根は、肺、脾経に、味は甘く、性はやや温かく、気と陽（陽気を上昇させる）、血の誕生（体内の水分、血液の補充）、停滞麻痺などの効果があります。
ハトムギは、気虚疲労、緩便（細く形のない便）、気沈（脾胃の気虚で、内臓が下に落ちる様子）、長引く下痢や脱肛、血便、月経漏れ（月経過多や滴下が多い）、表虚による発汗（体の表面が弱く、自然に汗をかくことが多いため）、気虚、浮腫、黄血虚の無力、内熱口渇（内熱で、食べる量が多い、飲む量が多い、排尿量が多いなどの症状を伴う）などに用いられます。
通常、医師の指導の下、対症療法的なハトムギ茶を飲むことができ、人体には一定の効果がありますが、女性は月経中に飲むことはお勧めできません。 ハトムギ茶の服用による副作用は、今のところ明らかではありません。実邪の表面、気滞や湿邪、食滞、ただれ、潰瘍など、熱や毒素がまだ盛んな初期や崩壊後の実証、陰陽の亢進（陰液の不足、陽気の亢進）などは、使用に適しません。
使用する必要がある場合は、身体への悪影響を避けるため、医師の指導のもとで使用することをおすすめします。