肝石灰化巣は、炎症、慢性損傷または血管病変の結果として形成される；あるいは、肝臓にカルシウム塩が過剰に沈着し、肝石灰化巣の形成に至ることもある。 石灰化巣は、肝臓の炎症、損傷、血管病変のいずれによるものであっても、ほとんどの場合、肝臓で消化・吸収されないため、いったん形成された肝石灰化巣が自力で回復することは困難である。 ほとんどの場合、肝石灰化巣は臨床的な不快感を引き起こさない。 そのため、肝石灰化巣は定期的な検査で状態を把握しながら、保存的に治療することが可能である。 肝石灰化巣が大きくなったり、不快感を引き起こしたりする場合には、不快感を緩和するために外科的手術が考慮される。