プロバイオティクス製品によって含まれるバクテリアの量は異なり、菌株によって人体への影響も異なる。 したがって、特定のプロバイオティクスがより効果的ということはない。 プロバイオティクスには、免疫力を調整し、小児の下痢を予防・軽減し、便秘を改善し、アレルギーを改善する効果がある。 プロバイオティクスは特定の症状に応じて選択する必要があり、例えば腸粘膜の損傷によって引き起こされる抗生物質には一般的に枯草菌が選ばれ、急性および慢性腸炎によって引き起こされる細菌や真菌には苔癬菌が選ばれ、腸の機能不全によって引き起こされる腸内細菌異常症にはビフィズス菌が選ばれることが多い。 プロバイオティクス製剤は組み合わせて使用することができ、異なるプロバイオティクス種を併用することで相乗効果を発揮し、より優れた治療効果を得ることができる。 ただし、どの菌株を組み合わせても効果があるわけではないので、プロバイオティクス製剤は自己流にならないよう、医師の指示に従って服用する必要がある。