脳血管撮影は侵襲的な手技であり、穿刺部での出血や感染、造影剤や麻酔薬に対するアレルギー、血管の破裂、脳梗塞などの危険性がある。
1.穿刺部での出血や感染：脳血管撮影では、大腿動脈からカテーテルを挿入して造影剤を注入するため、取り扱いが適切でないと制御不能な出血を起こすことがある。 また、不適切な取り扱いは不正出血の原因となり、さらに検査後に注意を怠ると穿刺部位が化膿することがある。
2.造影剤や麻酔薬に対するアレルギー：脳血管撮影では、穿刺前に造影剤や局所麻酔薬の注射が必要なため、造影剤や麻酔薬に対するアレルギーの危険性がある。
3.血管破裂：脳血管撮影は血管内腔で行われるため、不適切な操作により血管壁を損傷したり、特に動脈硬化を合併している患者では血管破裂に至る可能性がある。
4.脳梗塞：血管壁にアテローム性動脈硬化プラークを有する患者では、カテーテル検査中にプラークが脱落し、脳梗塞を起こすことがある。
脳血管造影は脳血管障害の診断に重要な検査であるが、それだけに危険も多い。 患者が主治医と十分なコミュニケーションをとり、患者の状態を詳しく把握した上で検査を受けるかどうかを決めることが推奨される。