糞便キノコ移植の副作用には、腹部不快感などの一般的な副作用、内視鏡検査に関連した重篤な副作用、潜在的な副作用などがある。 1.一般的副作用：腹部不快感、腹部膨満感、鼓腸、便秘、下痢、吐き気、嘔吐、発熱など。 2.重大な副作用：穿孔、出血などの内視鏡検査の合併症、鎮静剤吸入に関連する副作用、腸管病原体の伝播、腹膜炎、肺炎、炎症性腸疾患、発熱、感染症、腹膜透析患者における感染後過敏性腸症候群。 3.潜在的な副作用：数年後に病気を引き起こす、認識されていない感染因子の伝播（例：C型肝炎、HIV）；腸内細菌叢の変化に基づく慢性疾患の誘発（例：肥満、糖尿病、アテローム性動脈硬化症、大腸がん、非アルコール性脂肪肝疾患、喘息、自閉症）。 糞便移植にはリスクが伴うため、体調不良の場合は医師の診断と治療を受けることが望ましい。