ニパウイルス感染症の死亡率は、感染した種によって異なるが、約40〜75％である。
マレーシアでは1998年9月から1999年3月までに283人の患者が発生し、うち109人が死亡、死亡率は38.5％であった。
シンガポールでは1998年から1999年にかけて246人のニパウイルス感染者が報告され、98人が死亡、死亡率は約40％であった。
WHOによると、バングラデシュでは2001年以降、ほぼ毎年パニパウイルス感染症例と死亡例が報告されており、死亡率は約60％から90％である。
ニパウイルス感染症の死亡率は40％から75％であるが、この死亡率は発生状況によって異なり、また発生地のサーベイランスや調査能力にも左右される。 ニパウイルス感染症は重篤な神経症状を伴い、適時に治療を行わなければ死亡率は100％に近い。