臨床的な胃腸管理でよく使われるプロバイオティクスには、乳酸菌、ビフィズス菌、バチルス・リケニフォルミスなどがあるが、具体的な効果は個人差があり、「これが一番、効果的」というものはない。
現在、胃腸の臨床で使用されているプロバイオティクスは、乳酸菌錠、ラクタセキサン、ビフィドバクテリウム・ラクティス3倍抗菌錠、ビフィドバクテリウム・ビフィダム4倍抗菌錠、バチルス・リケニフォルミス生菌カプセルなどの医薬品の形で、いずれも腸内細菌叢のアンバランスに起因する急性・慢性の下痢や消化不良の治療に使用できる。
ただし、上記薬剤の治療効果は、疾患の重症度、個人の体調、服薬コンプライアンス、その他の介入など多くの要因に影響される可能性があり、効果に個人差が存在する可能性があることに留意すべきである。 すべての使用者によく効く「最善かつ最も効果的な」プロバイオティクスというものは存在しない。 また、プロバイオティクスの禁忌や副作用は明確に定義されていないことにも留意すべきである。
結論として、プロバイオティクスを使用する必要がある人は、医師の指導のもと、実際の状況に応じて薬を選択・調整し、医師の指示に従って服用することで、良好な治療効果が得られるように努めなければならない。